Ахтырский храм известен как жемчужина архитектуры XVIII века. Также есть мнение, что в его ограде покоится мать преподобного Серафима Саровского Агафья Машина. Где располагалась могила, сказать трудно. Древний некрополь давно скрыт под толщей асфальта и многочисленными застройками.
В советское время Ахтырский храм, как и многие другие, был поруган. Колокольню и купола снесли, а также был надстроен второй этаж. Внутри возведено множество перегородок.
В стенах церкви в разное время располагались общежитие мединститута, матрасный цех, склад медтехники. Однако в конце 90-х в храме вновь зазвучала молитва.
Долгое время официальной датой строительства храма был 1736 год, однако, кандидат исторических наук Юрий Озеров, изучив и сопоставив различные документы, пришел к выводу, что Ахтырский храм был возведен в 1782 году, как кладбищенский и хоронили здесь жителей московской стороны Курска.
